El templo de San José fue conocido en sus inicios como el “Templo del Patriarca Sr. San José de los Indios Otomíes” aunque datos fidedignos sugieren una previa construcción de la Capilla de la Virgen del Rosario.
Un documento del Archivo Histórico de Guanajuato con fecha de 1710 sugiere que ya para el año 1570 el Templo de San José había sido erigido.
En la segunda mitad del siglo XVIII tiene lugar la construcción de la fachada del templo la cual posee valores histórico, religiosos y artísticos, debido a que en ella se pueden leer los testimonios del pasado de la ciudad de Irapuato.
El acceso principal al templo se caracteriza por su diseño en cantería labrada con una expresión barroca.
En su historia se dice que la torre fue tomada como blanco de más de 200 balas de piedra y metal arrojadas por los cañones utilizados en un hecho llamativo sucedido en el siglo XIX durante la guerra de independencia en 1813 fecha en la que la ciudad de Irapuato fue sitiada y a tacada por el guerrillero Albino García.
Sobre los mitos del templo de San José
Se dice que en la capilla de la virgen de Rosario, han visto a una persona que se mete a ese lugar y quienes la han visto dicen que esta rezando de un amanera intensa, pero nunca la ven salir de ese lugar.
Otras personas que acuden a rezar al templo, han comentado que por ese mismo lado de la capilla han observado a un señor que esta parado y su mirada siempre esta fija frente a las lapidas que se ubican en la entrada del templo, aunque unos dicen que probablemente sean las almas de estas personas que llevan los nombres de estas lápidas en donde quizá reposen sus restos, estos recuerdos datan desde el año 1894.
Otro de los suceso que ronda por este templo es que en ocasiones han visto a una persona que entra en la sacristía y cuando se acercan los feligreses para buscarlo pensando que es el padre pero simplemente no ven a nadie y también han escuchado murmullos como si alguien estuvieran en ese lugar, se a dicho que este pudiera ser el alma del presbítero, José García Chávez quien también sus restos reposan en este recinto y su lapida data de 1914 año en que falleció.
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En cierta ocasión uno de los locatarios del mercado hidalgo platico que una noche como a la una de la mañana paso a verificar si uno de sus empleados había cerrado bien el local, por que se había quedo con la duda de que todo estuviera bien, que colinda con la parte lateral del templo y al voltear hacia el hacia donde antes era un jardín vio como se movían varias personas entre la obscuridad y noto que algunos apuntaban hacia la torre y al acercarse él para preguntar lo que sucedía ya no vio a nadie, pero al voltear hacia arriba observo que en la torre estaban estas personas que lo miraba, aunque dice como fue posible que hayan subido rápido, sí a esa hora el templo estaba cerrado.
Sobre estos mitos que las personas cuentan según sucedieron en diversas épocas, como se a dicho en anteriores ocasiones hay personas muy susceptibles que viven estos momentos y otras simplemente acuden a este lugar con devoción o a admirar el arte sacro o barroco del templo.